Workshop: Bioinfo/Biostat
Registration :
Registration to attend the conference is now open. Please note that the reigstration is free but mandatory.
Call for submissions :
The deadline for abstract submission is on November 17th 2017. Extended deadline 24th 2017.
Date of the event : 17-18 janvier 2018
This event organised in 2018, in addition to GenoToul, by the labex CIMI and by the Onconet Sudoe project, is the opportunity to continue a series of meetings and exchanges between bio-informatics, bio-statistics and biology teams. Exchanges concern methodological researches as well as data analysis through the development of appropriate bioinformatic and biostatistics tools. We invite all researchers and engineers (academic and private companies) to submit an abstract (1 page, preferably in English) for an oral or poster contribution.
Ces journées co-organisées cette année, en plus de GenoToul, par le labex CIMI et par le projet Onconet Sudoe sont l'occasion de poursuivre une série de rencontres et d'échanges entre les équipes de (bio)informatique, de (bio)statistique et de biologie, aussi bien dans le cadre de leur activité de recherche méthodologique que, sur le plan opérationnel, de l'exploitation des données par la mise oeuvre ou le développement d'outils bioinformatiques - biostatistiques appropriés. Nous invitons l'ensemble des chercheurs et ingénieurs (organismes publics et entreprises privées) à proposer une présentation sous forme d'un résumé (1 page, de préférence en anglais) pour une contribution orale ou par affiche.
Calendrier / Schedule :
- Date limite de soumission des résumés / Deadline for abstract submission : 17 novembre
- Confirmation de l'acceptation pour une sélection orale ou par poster / Confirmation of the selection for oral or poster communication : 1er décembre
Lieu / Location : université Paul Sabatier, Institut de Mathématiques, amphithéâtre L. Schwartz (bâtiment 1R3)
Programme provisoire / Tentative program :
Conférenciers invités / Invited speakers : Marie-Laure Martin-Magniette (Inra, AgroParisTech), Jean-François Deleuze (Directeur du Centre National de Recherche en Génomique Humaine)
Mardi 16/01/17
14h-17h Onconet Sudoe Technical meeting 
Mercredi 17/01/17
8h30-9h15 Accueil café
9h15-9h30 Introduction
9h30-10h30 Conférence invité : Marie-Laure Martin-Magniette (Inra, AgroParisTech), Inférence de réseaux biologiques à partir de données transcriptomiques
10h30-11h Pause café
11h-12h30 Communications « Onconet Sudoe »
Franklin Delehelle (Irit), ASGART – The hunt for duplications
Hector Tejero (CNIO), Predicting cancer sequential treatments and drug repurposing with SATIE
Jordi Martorell Marugán (GENYO), mCSEA: An R package for detection of differentially methylated regions
Alberto Labarga Gutierrez (NavarraBiomed), Stategra: Development of new statistical methods and tools for genomic technologies
12h30-14h Repas buffet
14h-15h30 Communications (*3)
Guillaume Devailly (GenPhySE) , scFeatureFilter: an R package for non-arbitrary feature filtering in single cell RNA-seq experiments
Sébastien Déjean (IMT), New developments of the mixOmics R package for the exploration and the integration of biological data sets
Olivier Chapleur (Irstea), Development of microbial indicators of anaerobic digestion inhibition with omics data integration
15h30-16h Pause Café
16h-17h30 Communications (*3)
Willy Rodriguez (IMT), Challenges when applying stochastic models to reconstruct the demographic history populations
Nicolas Nafati (Inserm), Algorithm based on a Multiple and Binary Logistic Regression (MBLR) model for pregnancy prediction
Alexandra Mancheno Ferris (CBI), Bioinformatic analyses of targets of the Shavenbaby Transcription Factor
18h30 Conférence grand-public "Grand amphi de médecine, allées Jules Guesde":
Detecting selective events in genomes and the benefit of using ancient and modern-day populations: LSD, a tree-based approach to detect positive selection in time-series
Pablo Librado1,2 and Ludovic Orlando1,2
1Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, 1350K Copenhagen, Denmark;
2Laboratoire AMIS CNRS UMR 5288, Faculté de Médecine de Purpan, 37 allées Jules Guesde, 31000 Toulouse, France
Jeudi 18/01/17
9h-10h Conférence invité : Jean-François Deleuze (Directeur du Centre National de Recherche en Génomique Humaine), NGS de la recherche au plan de médecine génomique FMG2025
10h-10h30 Pause café
10h30-12h30 Communications (*4)
Raphael Mourad (CBI), Predicting double-strand DNA breaks using epigenome marks or DNA at kilobase resolution
Cécilia Berges (Métatoul), Jérôme Fehrenbach (IMT), When industrial monitoring software meets biological data
Sabine Mercier (IMT), Atypical segment detection in biological sequences: A methodological approach for the local score distribution
Ludovic Cottret (LIPM), Comparaison des réseaux métaboliques de bactéries phytopathogènes
12h30-14h Repas buffet
13h30-14h30 Session poster
14h30-16h Communications (*3)
Benoît Augé (CBD), Transcriptional regulation of haematopoiesis by GATA and FOG transcription factor in Drosophila
Camille Champion (Inserm), Discovery of metagenomic biomarkers for the development of a diabete 2 related disease
Gaëlle Lefort (Inra), Using ASICS to quantify metabolites in 1D 1H NMR spectra: an application to perinatal survival in pigs
16h-16h15 Cloture café
Les inscriptions sont gratuites mais obligatoires. Les pauses et repas de midi seront pris en charge. / Registration is free but mandatory. Coffee breaks and lunch are supported by the organization.
Steering committee
Sébastien Déjean (UPS IMT), Christine Gaspin (Inra MIAT), Sandrine Laguerre (Inra LISBP), Hervé Luga (UT2 IRIT), Matthias Zytnicki (Inra MIAT).
